نی‌داوود یکی از موسیقی‌دانان اصیل ایرانی است. او به‌درستی ادامه دهنده‌ی راه افرادی چون آقا حسینقلی و درویش خان می‌باشد. با شنیدن آثارش این پیوستگی عمیق و ریشه‌دار بیشتر مشخص می‌گردد.
 مهم‌ترین خدمت نی‌داوود ضبط ردیف‌های موسیقی ایران است. در سال 1348 سازمان رادیو برای ضبط یک دوره‌ی کامل از ردیف‌های موسیقی اصیل ایرانی، از مرتضی خان دعوت به عمل آورد. این همکاری حدود دو سال به طول انجامید و ایشان تمامی دستگاه‌های موسیقی را بنا به گفته‌‌ی خود اجرا کردند.
 مجموعه ردیف‌های ضبط شده توسط مرتضی خان نی‌داوود در 297 گوشه است. او در آغاز هر دستگاه یا آواز نام آن دستگاه یا آواز را با ذکر تعداد گوشه‌ها و نام آنها به ترتیب بیان کرده است.
 اهمیت این مجموعه پرارزش بیشتر از جهت سبک و روش اجرای این ردیف‌هاست که به شیوه‌ی درویش‌خان نیز شباهت دارد و حتی احتمال می‌رود همان ردیف‌های درویش‌خان باشد.

در کتاب ردیف استاد نی داوود برای تار به نه دستگاه موسیقی پرداخته شده است که هر یک در برگیرنده‌ی برخی قطعات می‌باشند:
۱. دستگاه شور شامل: سلمک،‌شهناز،‌کرشمه، رضوی،‌ نغمه، مجلس افروز و...
۲. ابوعطا (دستان العرب) شامل: دوتایکی، حجاز، بغدادی، رامگلی، گبری، عشاق و...
۳. آواز بیات ترک (بیات زند) شامل: مهربانی،‌روح الارواح، دوگای، مثنوی، قطار و...
۴. دستگاه سه‌گاه شامل: نغمه، حصار، فرود، مخالف،‌حزان و...
۵. دستگاه نوا شامل: نهفت، عراق، مخبر،‌ زنگوله،‌ مسیحی،‌ ناقوس و...
۶. دستگاه همایون شامل: زنگ شتر،‌ چکاوک،‌ بیداد، سوز و گداز،‌ نفیر، نوروز صبا و...
۷. دستگاه چهارگاه شامل: زنگوله،‌ زابل،‌ حصار،‌ پهلوی،‌ رجز، بسته نگار و...
۸. دستگاه ماهور شامل: سارنگ، گشایش،‌ دادآفرین، خوارزمی، دلکش، مرادخانی و...
۹. دستگاه راست پنجگاه شامل: پروانه، راک عرب، راک هندی، طرز، نیریز و...

در بعضی موارد بین نام و محتوای اجرائی گوشه بر اساس روایت‌های معمول مطابقت وجود ندارد. به عنوان مثال استاد نی داوود به جای "رامکلی" از واژه‌ی "رامگلی" و یا به جای "فرنگ" از واژه‌ی "فرهنگ" و یا به جای "محر" از واژه‌ی "خبر" و یا به جای "نغمه" از واژه‌ی "خزان" نام برده‌اند. در کتاب ردیف استاد نی داوود برای تار سعی شده از این دست، دخل و تصرف پرهیز شود. و عینا آنچه را که استاد نی داوود عنوان کردند ذکر شده است.

کتاب ردیف استاد نی داوود برای تار اثر مرتضی نی داود آوانویسی نبی احمدی در ۳۷۶ صفحه توسط نشر سرود منتشر شده است.